臺南附近海岸，由荷蘭時期起，經鄭氏時期至清道光2年約200年之期間，安平是一座與臺灣本島不相連接的小島，安平與臺南海岸之間海面，當時稱為台江灣，古代大型艦船均能進出，水深約在5～6公尺左右。安平為一連串沙洲之一，原名一鯤鯓，安平以南至現在之二仁溪口附近，另有六個沙洲，七個沙洲各稱為一鯤鯓至七鯤鯓，安平以北隔一水道，與北線尾沙洲相望，此水道為進入台江灣之要道，荷蘭人建築熱蘭遮城（安平古堡）扼守。北線尾之北，隔鹿耳門與隙行港沙洲相望，亦為進入台江灣要口。
安平舊港口海岸，皆是砂質形成地，大雨時洪水由上流帶土砂流下，受台灣海峽風浪抵滯，沈積而為細長沙洲，距離現在海事學校2公里的海外，形成左右沙洲，南至臺南市下鯤鯓，北連新豐郡安順庄(現安南區)，雖成港灣，因四季風浪洪水變化異常，兩處通水處(即舊安平港口)隔水闊約400公尺，而港口全為淺者沙洲，常起波浪。其間雖有水道，但潮汐時最淺處只不過1公尺左右，且時起變化，風浪後水路位置全變，原有舊港口直線向東通至臺南市舊運河，受土砂之堆積，於滿潮時小舟難行，最後成為臺南市排水溝。 舊運河之咽喉鹽水溪下流至港口間每受洪水流砂堆積，阻塞舟路，運河之價值大失。乃從事港口改良，昭和6年（西元1931年）擬於舊港南方1公里，切割鯤鯓半島連接新運河，開築安平新港，昭和10年10月開工，經2年5個月，於昭和13年3月竣工。雖然規模不大，但是比舊港口的水深，低潮時水深3公尺，新港幅員100公尺，臺南、澎湖間航行的貨客機帆船及船舶，在干潮時可自由出入。港口南北岸興建有水路護岸，岸端為長160公尺導流堤二條，南北導流堤前端設標識燈。
為因應民眾休閒親水需求，安平商港南、北防波堤開放垂釣區並設置安全欄杆，目前開放(2020)情形為：北防波堤自海岸線起向外海延伸長度六百公尺；南防波堤自海岸線起向外海延伸長度一千六百公尺。
