府城最早媽祖廟之一
於德慶溪注入臺江口岸的南岸，又稱「水仔尾小媽祖廟」，「小」是用來和俗稱「大媽祖廟」的大天后宮區別。 創建於明朝永曆年間，三川殿僅有雲朵裝飾的單龍龍柱（通常年代較早的龍柱，一柱只雕一龍），是清初早期龍柱的特色，透露了廟宇的悠久歷史。 走入廟內，年代久遠的不只龍柱，背後刻有「明崇禎13年」（即西元1640年）的媽祖神像，說明了神像是隨明朝移民渡海來臺；後殿崇祀的觀世音菩薩，為臺灣府知府蔣元樞所督造，為「府城三大觀音」之一（另外兩尊為祀典武廟的「微語觀音」、大天后宮的「閉目觀音」），側著身體的姿態，被稱為「傾聽觀音」。 除了明清時期的文物外，廟內也擁有為數不少的近代藝術精品，如三川殿天山畫室的彩繪磁磚、屋頂剪黏、水車堵交趾陶、正殿大理石板壁畫等。
主祀：天上聖母-媽祖
配祀：福德正神、註生娘娘、韋馱菩薩、觀世音菩薩、十八羅漢、千里眼、順風耳、火德星君、月老、虎爺
藝品導覽：「三爪龍柱」
鑑賞重點：全臺最早龍柱
兩根龍柱的雕刻起伏不大，龍緊貼著柱身，也像是從柱身內浮出，整體線條圓潤柔和，就外觀看來，體積甚至和廟內其他柱子差不了多少。 通常年代較早的龍柱，一柱僅雕一龍，在裝飾上也較為簡樸，開基天后宮的龍柱便是如此，雙龍皆是龍尾在上、龍頭在下，呈現從天而降但又陡然撐起的氣勢。 另一個特色則是「三爪」龍足，應是媽祖在清康熙23年（1684年）被敕封為「天后」之前便完成的作品（成為「天后」後可以採用四爪）。
圖說：「三爪龍柱」龍邊
圖說：「三爪龍柱」虎邊
圖說：「三爪龍柱」特寫
圖說：「三爪龍柱」特寫
藝品導覽：「晉祿長壽」磁磚彩繪
鑑賞重點：晉祿長壽的意涵
題字「南極星輝」的彩繪磁磚，主角是主宰凡人壽命之神的南極仙翁，又可稱「壽翁」，也是廟宇屋頂上常見的「福祿壽」三星之一的「壽星」，象徵著長壽，他手持著象徵長生不老的蟠桃，更是壽上加壽。而依循著廟宇兩兩相對的原則，對面題字「瑤池獻瑞」的彩繪磁磚，自然也有著同樣的意涵，麻姑是見過多次「滄海變桑田」的仙女，長壽的能力自不在話下。
而兩幅人物堵下方，「松鶴延年」有著長壽、夫妻恩愛相隨、家庭和諧的意涵，而「富貴雙鹿」則借用鹿的諧音「祿」，有著富貴的意涵。 在壁面的兩側畫上兩位長壽人物、仙鶴和鹿，讓南極仙姑和麻姑跟前走過的信眾，得到長壽和富貴的祝福。
圖說：「南極星輝」磁磚彩繪
圖說：「瑤池獻瑞」磁磚彩繪
圖說：「松鶴延年」磁磚彩繪
圖說：「富貴雙鹿」磁磚彩繪
圖說：「龍吟」磁磚彩繪
圖說：「虎嘯」磁磚彩繪
藝品導覽：「西遊記」交趾陶水車堵
鑑賞重點：從水車堵中探出來的西遊記人物
位在三川殿虎邊水車堵，幾位家喻戶曉的交趾陶偶探身出來，由外而內分別是豬八戒、沙悟淨、唐三藏與孫悟空，而看起來一臉詫異的孫悟空前方，則是在巖穴中冒出的三個女子，擺弄著身姿，這堵交趾陶的戲齣，說的便是向西天取經過程中遇見「盤絲洞」的故事。 每一尊交趾陶偶都處理得細緻，孫悟空臉上的紋路、豬八戒肚皮上的皺摺，以及用了3種以上的服飾配色，布料上還有雲朵、銅釦。身後的佛頭青色牆上，則繪製了背景，並飾以白邊，帶了點現代漫畫感。
圖說：「西遊記」交趾陶水車堵-正面
圖說：「西遊記」交趾陶水車堵-特寫
圖說：「西遊記」交趾陶水車堵_側面
藝品導覽：「秦叔寶、尉遲恭」黃啟受門神彩繪
鑑賞重點：繪畫性強烈的門神作品
開基天后宮的門神為秦叔寶與尉遲恭，兩位門神的身影佈滿大片的門板，此為黃啟受畫師的作品。受到陳玉峰畫師提攜之故，風格上也繼承其繪畫性強烈的風格，人物表情莊重，而非風格強烈、戲劇性高的表情。在護襠上繪有「八仙」，其中尉遲恭護襠上，李鐵拐蹲靠於大葫蘆後，雙手交叉於其上，模樣如常民有趣。 門神在2013年曾受修復，根據當年修復師李志上的調查，目前全臺僅有開基天后宮留有黃啟受具名落款的門神彩繪，相當難得。
圖說：「秦叔寶、尉遲恭」黃啟受門神彩繪
圖說：黃啟受「秦叔寶」門神彩繪
圖說：黃啟受「秦叔寶」門神彩繪-特寫
圖說：黃啟受「尉遲恭」門神彩繪
圖說：黃啟受「尉遲恭」門神彩繪-特寫
圖說：黃啟受「秦叔寶」門神彩繪-匠師落款
藝品導覽：大理石板壁畫
鑑賞重點：罕見的大理石板壁畫
廟內的正殿兩側牆面多以彩繪為主要裝飾，然而在開基天后宮，看到的卻是兩堵大型的大理石壁畫，各由六片大理石片拼成，以刻紋為筆畫，在簡潔的線條之間呈現意境。 這兩堵畫作，一堵為「媽祖救劫」，畫的是媽祖在家裡以意念拯救海上的船隻，媽祖腦海中的畫面從頭上飄出，帶點漫畫感；另一堵「媽祖桃花山收服二神」，則是媽祖收服兩隻在桃花山出沒的妖精，成為部將「千里眼」和「順風耳」的故事。 畫作有許多細節值得注意，像是主畫面（媽祖）和次畫面（船），匠師的刻痕也做出了深淺的區隔；而大理石的天然紋路，適當地烘托了似山、似仙界的意境；細看大理石片間的接縫處，更會發現紋路都是連續的，可以想像匠師在刻畫時必須如何謹慎小心，才能在這麼大幅的面積上不出錯。
圖說：「媽祖救劫」大理石板壁畫
圖說：「媽祖桃花山收服二神」大理石壁畫
藝品導覽：「湄靈肇造」、「慈慧」匾額
鑑賞重點：才子林朝英所書匾額
若提及開基天后宮的鎮廟之寶，則不得不提正殿媽祖神像上的「湄靈肇造」匾額，以及後殿觀世音菩薩神像上的「慈慧」匾額。 「湄靈肇造」昭示著本廟開基香火源自湄洲的歷史，左下角落款「林朝英印」與「字伯彥」（伯彥為林朝英的字）；「慈慧」則用以彰顯觀世音菩薩慈悲為懷的性格，右側書「一峰亭林朝英」，左側有「臺郡全城眾弟子仝敬立」，落款一樣是「林朝英」與「伯彥」兩方鈐印。 林朝英享有「清代臺灣唯一之藝術家」美名，書法造詣尤其高，市區周圍的廟宇，僅開基天后宮、萬福庵（共三匾）、彌陀寺（共五匾）可見其匾額作品。
圖說：「湄靈肇造」匾額
圖說：「慈慧」匾額
後殿：「傾聽觀音」
鑑賞重點：觀音側耳傾聽
一入後殿，可以感受到居中的神像正望向來者，那是側著身體、面容朝下的觀世音菩薩，祂一手撐在座上，一手擱在支起的膝頭，這種坐法是沿襲「水月坐姿」的式樣再稍加變化，坐法閒適自在，像是隨時準備好傾聽信徒說話。 神像歷經修復的重新上色後，面容、服飾、飾品等細節都更容易辨識，廟方沒有為神龕內的觀音再多加裝飾，神龕內僅有善才與龍女脅侍兩旁，神像後方以墨色勾勒出岩石、竹林、書本與淨瓶，更顯清淨莊嚴。 這尊神像為清乾隆42年（1777）所塑造，為時任知府蔣元樞督造的三尊觀世音菩薩像之一，另外兩尊為祀典武廟的「微語觀音」、大天后宮的「閉目觀音」，三尊被合稱為「府城三大觀音」。
圖說：「傾聽觀音」觀世音菩薩神像
圖說：「傾聽觀音」觀世音菩薩神像
